15032352——因美納Illumina NXTR XT 樣本制備試劑盒用戶指南

摘要：本文為科研人員提供因美納Illumina NXTR XT 樣本制備試劑盒（貨號(hào)15032352）的詳細(xì)用戶指南。涵蓋試劑盒基本信息、特性、作用機(jī)制、應(yīng)用場(chǎng)景、操作流程、注意事項(xiàng)、性能參數(shù)及常見問題解答，助力科研人員高效開展實(shí)驗(yàn)。
關(guān)鍵詞：因美納；Illumina NXTR XT；樣本制備試劑盒；用戶指南

一、引言

在基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)等科研領(lǐng)域，高通量測(cè)序技術(shù)已成為研究生物分子信息的重要手段。而樣本制備作為測(cè)序流程的關(guān)鍵環(huán)節(jié)，其質(zhì)量直接影響測(cè)序結(jié)果的準(zhǔn)確性和可靠性。因美納Illumina NXTR XT 樣本制備試劑盒（貨號(hào)15032352）是一款專為Illumina測(cè)序平臺(tái)設(shè)計(jì)的高效樣本制備工具，能夠?yàn)榭蒲腥藛T提供高質(zhì)量的測(cè)序文庫，助力科研工作的順利開展。本文旨在為科研人員提供一份詳細(xì)、專業(yè)的用戶指南，幫助大家更好地了解和使用該試劑盒。

二、產(chǎn)品概述

（一）基本信息

• 品牌：因美納（Illumina）

• 產(chǎn)品名稱：Illumina NXTR XT 樣本制備試劑盒

• 貨號(hào)：15032352

• 適用平臺(tái)：Illumina測(cè)序平臺(tái)

• 存儲(chǔ)條件：部分組分需冷凍運(yùn)輸（-25℃到 -15℃），部分組分需冷藏運(yùn)輸（2℃到 8℃），具體見產(chǎn)品說明書

• 有效期：12個(gè)月（在規(guī)定存儲(chǔ)條件下）

（二）產(chǎn)品組成

該試劑盒包含多個(gè)組分，如文庫稀釋緩沖液、MiSeqTMDx試劑卡盒、MiSeqTMDx SBS溶液（PR2）、MiSeqTMDx流動(dòng)槽等。每個(gè)組分都有其特定的功能和用途，共同協(xié)作完成樣本的制備過程。

（三）產(chǎn)品特性

• 高通量：每個(gè)流動(dòng)槽可批量處理多達(dá)192個(gè)樣本，大大提高了實(shí)驗(yàn)效率。

• 靈活性：具有更高的樣本通量和批處理選項(xiàng)的靈活性，可滿足不同規(guī)模實(shí)驗(yàn)的需求。

• 整合性：將多種生物標(biāo)志物檢測(cè)整合到一項(xiàng)檢測(cè)中，泛癌生物標(biāo)志物內(nèi)容與關(guān)鍵指南和臨床試驗(yàn)相匹配。

三、作用機(jī)制

Illumina NXTR XT 樣本制備試劑盒基于邊合成邊測(cè)序（SBS）的原理進(jìn)行工作。在流動(dòng)槽中捕獲樣本庫，并使用SBS方法在儀器上進(jìn)行測(cè)序。SBS采用可逆終止子方法，在單個(gè)堿基摻入模板并不斷延伸DNA鏈時(shí)進(jìn)行檢測(cè)。具體而言，試劑盒中的各種組分協(xié)同作用，完成樣本的片段化、末端修復(fù)、加A尾、接頭連接、文庫擴(kuò)增等步驟，最終生成適合測(cè)序的文庫。

四、應(yīng)用場(chǎng)景

（一）基因組學(xué)研究

可用于全基因組測(cè)序、目標(biāo)區(qū)域捕獲測(cè)序等，幫助科研人員深入了解生物體的基因組結(jié)構(gòu)和變異情況。

（二）轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究

適用于轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（RNA-Seq），能夠準(zhǔn)確測(cè)定基因的表達(dá)水平，為研究基因調(diào)控機(jī)制提供重要信息。

（三）癌癥研究

在癌癥基因組研究中，該試劑盒可用于檢測(cè)癌癥相關(guān)的基因突變、融合基因等，為癌癥的診斷、治療和預(yù)后評(píng)估提供依據(jù)。

（四）單細(xì)胞測(cè)序

支持單細(xì)胞基因組測(cè)序和轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，為研究細(xì)胞異質(zhì)性提供了有力工具。

五、操作流程

（一）樣本準(zhǔn)備

1. 提取DNA/RNA：根據(jù)樣本類型（如血液、組織、細(xì)胞等），選擇合適的方法提取DNA或RNA。

2. 質(zhì)量檢測(cè)：使用Qubit、Picogreen或其他染料法對(duì)DNA/RNA濃度進(jìn)行準(zhǔn)確定量，并使用Agilent Bioanalyzer 2100等設(shè)備檢測(cè)樣本的長(zhǎng)度分布和質(zhì)量。

（二）文庫制備

1. 片段化：將提取的DNA/RNA進(jìn)行片段化處理，可根據(jù)樣本類型和實(shí)驗(yàn)需求選擇合適的片段化方法。

2. 末端修復(fù)和加A尾：使用試劑盒中的相應(yīng)組分對(duì)片段化的DNA/RNA進(jìn)行末端修復(fù)和加A尾處理，使其適合后續(xù)的接頭連接。

3. 接頭連接：將特定的接頭連接到DNA/RNA片段的兩端，接頭中含有測(cè)序所需的引物結(jié)合位點(diǎn)和索引序列。

4. 文庫擴(kuò)增：使用高保真DNA聚合酶對(duì)連接好接頭的文庫進(jìn)行擴(kuò)增，增加文庫的濃度和產(chǎn)量。

（三）文庫質(zhì)檢

1. 濃度檢測(cè)：使用qPCR方法進(jìn)行文庫濃度檢測(cè)，排除單端或雙端都不連接Adapter的不可測(cè)序文庫的干擾。

2. 長(zhǎng)度分布檢測(cè)：通過Agilent Bioanalyzer 2100等設(shè)備檢測(cè)文庫的長(zhǎng)度分布，確保文庫質(zhì)量符合要求。

（四）上機(jī)測(cè)序

將質(zhì)檢合格的文庫按照Illumina測(cè)序儀的操作要求進(jìn)行上機(jī)測(cè)序。

六、注意事項(xiàng)

（一）試劑處理與儲(chǔ)存

1. 部分組分需冷凍運(yùn)輸和儲(chǔ)存，在-25℃到-15℃環(huán)境中保持穩(wěn)定直至有效期末。文庫稀釋緩沖液和MiSeqTMDx試劑卡盒為一次性使用的試劑，為保持穩(wěn)定，在有效日期前只允許解凍到室溫1次。一旦解凍，必須裝載樣本庫并立即在MiSeqTMDx儀器上運(yùn)行?；蛘撸鈨龅脑噭┖锌稍?℃到8℃的環(huán)境下最多保存6小時(shí)，然后裝載樣本庫并立即在MiSeqTMDx儀器上運(yùn)行。

2. 部分組分需冷藏運(yùn)輸和儲(chǔ)存，在2℃到8℃環(huán)境中保持穩(wěn)定直至有效期末。MiSeqTMDx SBS溶液（PR2）和MiSeqTMDx流動(dòng)槽為一次性使用產(chǎn)品。

3. 試劑外觀的變化可能表明材料的變質(zhì)，應(yīng)不使用試劑。

（二）操作環(huán)境

1. 提前開好空調(diào)，控制房間溫度和濕度。溫度和濕度極大地影響試劑效果和光路，溫度高測(cè)序速度下降且質(zhì)量不好，濕度大不僅會(huì)影響光路，還會(huì)使得flowcell上面凝結(jié)水滴，導(dǎo)致測(cè)序直接失敗。

2. 搬運(yùn)儀器的時(shí)候需要鎖住零部件，要讓工程師來做，否則機(jī)器可能出問題，影響光路。

（三）實(shí)驗(yàn)操作

1. 在操作過程中，應(yīng)嚴(yán)格遵循試劑盒說明書的要求，避免交叉污染。

2. 使用無RNase和DNase的槍頭、EP管進(jìn)行試驗(yàn)，確保實(shí)驗(yàn)環(huán)境的潔凈度。

3. 進(jìn)行文庫擴(kuò)增前，應(yīng)確保PCR儀已經(jīng)調(diào)試好并處于穩(wěn)定的狀態(tài)。

七、性能參數(shù)

八、常見問題解答

（一）文庫產(chǎn)量低

可能原因：樣本質(zhì)量差、擴(kuò)增循環(huán)數(shù)不足、試劑質(zhì)量問題等。解決方法：優(yōu)化樣本提取方法，增加擴(kuò)增循環(huán)數(shù)，更換高質(zhì)量的試劑。

（二）測(cè)序質(zhì)量差

可能原因：文庫質(zhì)量不佳、測(cè)序儀狀態(tài)不良、環(huán)境因素等。解決方法：重新制備文庫，檢查測(cè)序儀的狀態(tài)并進(jìn)行維護(hù)，控制實(shí)驗(yàn)環(huán)境的溫度和濕度。

（三）交叉污染

可能原因：操作不規(guī)范、實(shí)驗(yàn)器材未清潔干凈等。解決方法：嚴(yán)格遵循操作規(guī)程，使用無污染的實(shí)驗(yàn)器材，對(duì)實(shí)驗(yàn)區(qū)域進(jìn)行定期清理。

九、結(jié)論

因美納Illumina NXTR XT 樣本制備試劑盒（貨號(hào)15032352）是一款功能強(qiáng)大、性能穩(wěn)定的樣本制備工具，為科研人員提供了高效、準(zhǔn)確的樣本制備解決方案。通過遵循本用戶指南中的操作流程和注意事項(xiàng)，科研人員可以充分發(fā)揮該試劑盒的優(yōu)勢(shì)，提高實(shí)驗(yàn)效率和準(zhǔn)確性。希望本指南能夠幫助用戶更好地了解和使用該試劑盒，為科研工作提供有力支持。